Em 23 de abril de 1938 Armando Alvares Penteado ao redigir seu testamento já deixava expresso seu desejo de criação de um museu. Sem descendentes diretos a quem legar seu patrimônio, o Conde Alvares Penteado instruía nesse documento sua esposa, Dona Annie, a vender parte de suas propriedades para construir em terreno anexo à sua residência, o edifício que seria a sede de uma escola de artes e abrigaria também uma "pinacotheca para exposição de quadros originais".

A partir dessa idéia surge em 1947 a Fundação Armando Alvares Penteado que, em 1957, fecha um acordo com Assis Chateaubriand. Essa parceria previa o estabelecimento do Instituto de Arte Contemporânea (responsável pela exposição da coleção do MASP) nas salas do edifício da rua Alagoas 903, ainda em fase de acabamento. A iniciativa durou pouco tempo. Dissolvido o Instituto, o acervo voltou ao seu antigo endereço na sede dos Diários Associados na rua Sete de Abril e a FAAP começou os trâmites necessários para a criação de um novo museu.

Coube a D. Annie Penteado tomar as providências necessárias. A direção e a coordenação das atividades ficaram a cargo do casal Lúcia e Roberto Pinto de Souza. Intelectuais e especialistas foram envolvidos com a incumbência de traçar as características do novo museu e de organizar a exposição inaugural.

O Museu de Arte Brasileira abriu ao público no dia 10 de agosto de 1961, com a mostra "Barroco no Brasil". Contou com a presença de Jânio Quadros, então Presidente da República. A exposição tinha como objetivo analisar aspectos da arte barroca, complementada com atividades paralelas como cursos, mesas-redondas, concertos e ciclo de cinema. A exposição e seus eventos paralelos foram reconhecidos como um acontecimento nacional, comemorativo da cultura brasileira.